STAGE MASTER Laboratoire Modélisation, Information & Système Amiens
Forum 'Stages' - Sujet créé le 2016-10-20 par Corinne LUCET
Algorithmiques pour les problèmes de graphe et optimisation combinatoire pour la Bio-Informatique
Le calcul de la similarité entre deux structures de protéines est une tâche cruciale dans la biologie moléculaire, et a été largement étudiée. Elle permet notamment d?élaborer de nouveaux médicaments en s?appuyant sur le constat que deux protéines de structures proches ont des fonctions quasi similaires. Pour un grand nombre de structures protéiques, les méthodes de comparaison de ces structures peuvent être modélisées comme des problèmes de recherche de cliques maximum, dans des graphes spécifiques, appelés graphes d'alignement (k-partite graphs). Dans ce stage nous proposons une étude en trois phases de ce problème de la bio-informatique. Premièrement, une étude bibliographique du problème pour lequel de nombreux articles scientifiques existent. Ensuite nous souhaitons acquérir des connaissances sur les benchmarks de la littérature (les collections de structures de protéines sur lesquelles il est possible de mener des tests scientifiques de résolution) afin de développer un logiciel de conversion transformant tout instance de ce benchmark en une structure informatique pré-définie. Enfin nous nous proposons de tester notre solveur MaxClique sur ces données et de comparer les résultats ainsi obtenus à ceux de la littérature.
Le candidat devra donc montrer des compétences en algorithmique et développement (langage C, C++) en modélisation et posséder les fondamentaux sur les notions de graphes.
Contact : Chu Min LI & Corinne VASSEUR-LUCET (chu-min.li@u-picardie.fr & corinne.lucet@u-picardie.fr tel : 03 22 82 59 00)
Lieu du stage : Équipe Graphes et Optimisation Combinatoire, Laboratoire Modélisation, Information & Système, Université de Picardie Jules Verne, Amiens
Rémunération : 534?/mois
Durée : 6 mois (à partir de janvier ou février)
Le calcul de la similarité entre deux structures de protéines est une tâche cruciale dans la biologie moléculaire, et a été largement étudiée. Elle permet notamment d?élaborer de nouveaux médicaments en s?appuyant sur le constat que deux protéines de structures proches ont des fonctions quasi similaires. Pour un grand nombre de structures protéiques, les méthodes de comparaison de ces structures peuvent être modélisées comme des problèmes de recherche de cliques maximum, dans des graphes spécifiques, appelés graphes d'alignement (k-partite graphs). Dans ce stage nous proposons une étude en trois phases de ce problème de la bio-informatique. Premièrement, une étude bibliographique du problème pour lequel de nombreux articles scientifiques existent. Ensuite nous souhaitons acquérir des connaissances sur les benchmarks de la littérature (les collections de structures de protéines sur lesquelles il est possible de mener des tests scientifiques de résolution) afin de développer un logiciel de conversion transformant tout instance de ce benchmark en une structure informatique pré-définie. Enfin nous nous proposons de tester notre solveur MaxClique sur ces données et de comparer les résultats ainsi obtenus à ceux de la littérature.
Le candidat devra donc montrer des compétences en algorithmique et développement (langage C, C++) en modélisation et posséder les fondamentaux sur les notions de graphes.
Contact : Chu Min LI & Corinne VASSEUR-LUCET (chu-min.li@u-picardie.fr & corinne.lucet@u-picardie.fr tel : 03 22 82 59 00)
Lieu du stage : Équipe Graphes et Optimisation Combinatoire, Laboratoire Modélisation, Information & Système, Université de Picardie Jules Verne, Amiens
Rémunération : 534?/mois
Durée : 6 mois (à partir de janvier ou février)